Lokality v Čiastkovom monitorovacom systéme Cudzorodé látky v potravinách a krmivách, ako aj jednotlivé subsystémy sú vyberané tak, aby objektívne zhodnotili kontamináciu potravín a krmív vo vzájomnej príčinnej súvislosti s kontamináciou životného prostredia SR na jednej strane a expozíciou obyvateľstva na strane druhej. Výber sledovaných parametrov je realizovaný na základe zhodnotenia viacročných výsledkov plošnej kontroly cudzorodých látok v potravinách a hodnotenia cudzorodých látok z hľadiska hygienicko-toxikologickej závažnosti.
Metodické zabezpečenie realizácie ČMS Cudzorodé látky v potravinách a krmivách sa vykonáva každoročne prostredníctvom realizačných projektov, v ktorých sú presne špecifikované sledované komodity a parametre v rámci každého subsystému zvlášť, frekvencia vzorkovania (presne definované dátumy odberov vzoriek), sledované lokality na území SR v súlade s výberom lokalít v rámci ostatných ČMS, systém analyzovania vzoriek, vrátane zavedenia systematického overovania kvality vstupných údajov poskytovaných jednotlivými diagnostickými pracoviskami (systém AQA). Je vypracovaný jednotný informačný systém pre získavanie a poskytovanie jednotlivých údajov, sú stanovené termíny odovzdávania výsledných analýz.
Monitorovacie siete subsystémov: