Jednotlivé ČMS sú budované na základe schválených projektov. Úlohou projektov je predovšetkým špecifikovať obsahové zameranie konkrétneho ČMS a určiť základné prístupy a metódy monitorovania. Vypracované projekty riešia systém monitorovania tak, aby sledované ukazovatele, systém, metodiky a monitorovacia sieť spĺňali nielen vnútorné legislatívne požiadavky Slovenskej republiky, ale rešpektovali aj medzinárodné záväzky, predovšetkým v súvislosti s členstvom Slovenskej republiky v európskych štruktúrach.
Pre realizáciu Informačného systému monitoringu, ktorý je definovaný v Koncepcii rezortného informačného systému MŽP SR, bol podľa vyhlášky Štatistického úradu SR č. 283 z 30. septembra 1999 spracovaný Projekt ISM. Projekt ISM bol schválený uznesením č.202 v operatívnej porade ministra ŽP dňa 5. 10. 2000 a v r. 2002 aktualizovaný v súlade s prijatou Koncepciou dobudovania komplexného monitorovacieho a informačného systému v životnom prostredí a v súlade s aktualizovanými projektmi ČMS.