Údaje (výsledky analytických stanovení) sú získavané z pracovísk poverených realizáciou ČMS, ukladané na magnetické médiá vo forme jednotnej vstupnej vety podľa Metodiky automatizovaného spracovania dát (VÚP 1995) a spracovávané počítačmi štandardnými štatistickými postupmi, pričom sa rešpektuje náväznosť na medzinárodné monitorizačné systémy (GEMS/FOOD EURO), t.j. v dostupných relačných databázových systémoch (FoxPro) s využívaním aplikácií vytvorených v programe Clipper, pracujúcom pod operačným systémom MS DOS a WINDOWS.
Výstupom monitorovania je databáza vstupných meraní, ktoré určujú charakter kontaminácie potravín a krmív, správa o výsledkoch monitorovania, tabuľky, grafy a mapy. Informácie sú dopĺňané v jednotlivých lokalitách každoročne a sú dostupné v tlačenej, alebo digitálnej forme.
Informácie z ČMS Cudzorodé látky v potravinách a krmivách sú využívané pri tvorbe výživovej politiky Slovenskej republiky, pri tvorbe hygienických limitov na cudzorodé látky, ako i k rozšíreniu vývozného artiklu vybraných potravín (zverina). Získané výsledky sú súčasťou parciálneho informačného systému o cudzorodých látkach (súčasťou sekundárnej bázy údajov) pre riadiacu sféru i výkonné zložky na úrovni regiónov. Uverejňovanie výsledkov z ČMS sa vykonáva formou realizačných projektov (1 krát ročne), súhrnných správ (1 krát ročne), publikácií v časopisoch o životnom prostredí, poľnohospodárstve, potravinárstve - Enviromagazín, Naše pole, Trendy v potravinárstve a i., Bulletin potravinárskeho výskumu, uverejnením príspevkov v karentovaných časopisoch ako napr. Journal of Food and Nutrition Research (www.vup.sk), Food and Chemical Toxicology, European Food Research and Technology, ako aj v zborníkoch z rôznych odborných seminárov a prezentáciou výsledkov formou prednášok (referátov), či posterov na medzinárodných konferenciách. Výstupy z ČMS sú publikované vo forme ročných správ.
Kľúčovými užívateľmi ČMS Cudzorodé látky v potravinách a krmivách sú: