Po doručení odborného posudku príslušný orgán v spolupráci s príslušným regionálnym úradom verejného zdravotníctva vypracuje záverečné stanovisko.
Záverečné stanovisko je výsledkom posudzovania vplyvov navrhovanej činnosti alebo jej zmeny. Záverečné stanovisko je rozhodnutie, ktoré je záväzné pre ďalšie povoľovacie konanie. Právoplatnosťou záverečného stanoviska vzniká oprávnenie navrhovateľa navrhovanej činnosti alebo jej zmeny, ktorá musí byť predmetom posudzovania vplyvov, podať návrh na začatie povoľovacieho konania k navrhovanej činnosti alebo jej zmene vo variante odsúhlasenom príslušným orgánom v záverečnom stanovisku.
Príslušný orgán vypracuje návrh záverečného stanoviska a prerokuje ho s rezortným orgánom, orgánom verejného zdravotníctva a ak navrhovaná činnosť alebo jej zmena môže mať vplyv samostatne alebo v kombinácii s inou činnosťou na územie sústavy chránených území aj so štátnym orgánom ochrany prírody a krajiny.
Ak povoľujúci orgán dostane na základe zaslania návrhu na začatie povoľovacieho konania záväzné stanovisko príslušného orgánu, v ktorom je zistený nesúlad návrhu na začatie povoľovacieho konania s týmto zákonom, s rozhodnutím vydanom v zisťovacom konaní alebo so záverečným stanoviskom, povoľujúci orgán toto konanie preruší a určí lehotu na zosúladenie návrhu na začatie povoľovacieho konania s týmto zákonom.
Ak navrhovateľ v určenej lehote podanie nezosúladí, povoľujúci orgán konanie zastaví. Ak navrhovateľ podá návrh na začatie povoľovacieho konania, pričom územie alebo navrhovaná činnosť, ktorej sa toto konanie týka bolo predmetom zisťovacieho konania alebo konania o vydaní záverečného stanoviska a v záverečnom stanovisku príslušný orgán vyslovil nesúhlas s realizáciou navrhovanej činnosti alebo využívania územia, povoľujúci orgán konanie zastaví.
Záverečné stanovisko je konečným vyhodnotením celého procesu posudzovania vrátane pripomienok verejnosti a ostatných subjektov procesu posudzovania. Všetky doručené pripomienky a stanoviská musia byť v záverečnom stanovisku zohľadnené, prípadne zodpovedané, ako bolo s nimi naložené. V záverečnom stanovisku sa okrem celkového hodnotenia vplyvov navrhovanej činnosti uvedie, či sa odporúča, alebo neodporúča jej realizácia, v prípade odporúčania za akých podmienok, ako aj požadovaný rozsah jej sledovania a vyhodnocovania. Odporúčané podmienky musia byť podrobne a jasne sformulované a zdôvodnené.
Podrobnosti o obsahu záverečného stanoviska sú uvedené v prílohe č. 12 zákona. Príslušný orgán doručí záverečné stanovisko k činnosti v lehote do 20 dní od doručenia odborného posudku navrhovateľovi, rezortnému orgánu, povoľujúcemu orgánu, dotknutému orgánu a dotknutej obci a zverejní ho bez zbytočného odkladu na webovom sídle ministerstva.
Navrhovateľ je povinný zabezpečiť súlad ním predkladaného návrhu na začatie povoľovacieho konania k navrhovanej činnosti alebo jej zmene s týmto zákonom, s rozhodnutiami vydanými podľa tohto zákona a ich podmienkami.
Platnosť záverečného stanoviska k činnosti je sedem rokov odo dňa nadobudnutia jeho právoplatnosti. Záverečné stanovisko nestráca platnosť, ak sa počas jeho platnosti začne konanie o umiestnení alebo povolení činnosti podľa osobitných predpisov.