Pred vstupom do EÚ predložila SR Európskej komisii národný zoznam chránených vtáčích území (CHVÚ) a národný zoznam území európskeho významu (ÚEV), ktoré spolu tvoria európsku sústavu chránených území Natura 2000.
Kým národný zoznam CHVÚ je už dostatočný, SR patrí k 17 štátom EÚ, ktoré ešte pre všetky určené biotopy a druhy európskeho významu nemajú vymedzené dostatočné množstvo alebo kvalitu ÚEV.
 
K pokroku došlo v auguste 2011, kedy vláda SR schválila prvú aktualizáciu národného zoznamu ÚEV. Vzhľadom na to, že doplnené boli takmer výlučne len lokality so 100 % prekryvom s už existujúcimi chránenými územiami, tento doplnok nebol na bilaterálnom rokovaní s EK v marci 2012 schválený ako dostatočný.
 
V apríli 2012 preto začala príprava odborného návrhu druhého doplnku národného zoznamu ÚEV, ktorý bol odsúhlasený v rámci Ministerstva životného prostredia SR v júni 2016. V júli až decembri 2016 boli so zámerom oboznámené kľúčové subjekty na národnej i lokalitnej úrovni a v apríli a máji 2017 sa uskutočnili rokovania v zmysle platných právnych predpisov. Druhá aktualizácia národného zoznamu území európskeho významu obsahuje 169 lokalít s výmerou 31 656,34 ha, kde na takmer 10 000 parcelách boli identifikované tisícky subjektov. Je doplnkom k 473 lokalitám, ktoré boli predložené Európskej komisii v roku 2004 a 2011. Celková výmera sa tak zvýši z 11,92 % z rozlohy Slovenskej republiky na 12,56 %.
 
Následným krokom je zaslanie aktualizovanej databázy území Natura 2000 v predpísanom formáte Európskej komisii a vydanie všeobecne záväzného právneho predpisu, ktorým sa ustanovuje národný zoznam ÚEV. Po zaslaní aktualizovanej databázy sa očakáva, že v roku 2018 sa bude konať bilaterálne rokovanie s Európskou komisiou, ktorá posúdi dostatočnosť predkladaného návrhu a následne budú lokality zverejnené v Úradnom vestníku EÚ.