Po doručení odborného posudku príslušný orgán v spolupráci s príslušným regionálnym úradom verejného zdravotníctva vypracuje záverečné stanovisko.
Záverečné stanovisko je konečným vyhodnotením celého procesu posudzovania vrátane pripomienok verejnosti a ostatných subjektov procesu posudzovania. Všetky doručené pripomienky a stanoviská musia byť v záverečnom stanovisku zohľadnené, prípadne zodpovedané, ako bolo s nimi naložené.
V záverečnom stanovisku sa okrem celkového hodnotenia vplyvov navrhovanej činnosti uvedie, či sa odporúča, alebo neodporúča jej realizácia, v prípade odporúčania za akých podmienok, ako aj požadovaný rozsah jej sledovania a vyhodnocovania. Odporúčané podmienky musia byť podrobne a jasne sformulované a zdôvodnené. Podrobnosti o obsahu záverečného stanoviska sú uvedené v prílohe č. 12 zákona.
Príslušný orgán doručí záverečné stanovisko k činnosti v lehote do 20 dní od doručenia odborného posudku navrhovateľovi, rezortnému orgánu, povoľujúcemu orgánu, dotknutému orgánu a dotknutej obci a zverejní ho bez zbytočného odkladu na webovom sídle ministerstva.
Platnosť záverečného stanoviska k činnosti je sedem rokov odo dňa jeho vydania. Záverečné stanovisko nestráca platnosť, ak sa počas jeho platnosti začne konanie o umiestnení alebo povolení činnosti podľa osobitných predpisov.