Monitoring životného prostredia tvorí nevyhnutný prostriedok v procese poznania stavu a rozhodovania sa v oblasti ochrany a tvorby životného prostredia. Základnými prvkami celoplošného monitoringu životného prostredia SR sú čiastkové monitorovacie systémy (ČMS). Poverenou organizáciou, ktorá zabezpečuje koordináciu ČMS - Voda je Slovenský hydrometeorologický ústav (SHMÚ) prostredníctvom Hydrologickej služby a na základe pozorovaných údajov spracováva podkladové materiály pre rozhodovací proces štátu. Monitoring povrchovej vody a podzemnej vody sa vykonáva komplexne v povodiach a čiastkových povodiach a jeho podrobnosti špecifikuje vyhláška Ministerstva pôdohospodárstva, životného prostredia a regionálneho rozvoja SR č. 418/2010 Z. z. o vykonaní niektorých ustanovení vodného zákona.
Subsystémy ČMS - Voda:
Subsystémy 1 až 4 sú zabezpečované rezortom MŽP SR prostredníctvom SHMÚ. Zabezpečenie činnosti subsystémov Termálne a minerálne vody a Rekreačné vody je v kompetencii rezortu zdravotníctva a sú zabezpečované v rámci úloh tohto rezortu. Zabezpečenie činnosti subsystému Závlahové vody patrí do kompetencie rezortu pôdohospodárstva.